LightingウィンドウにLightmapParametersという指定項目がありまして、通常は下記のリストから選択するんですが、LightmapParametersアセットを作成してカスタマイズもできます。
LightmapParameters
https://docs.unity3d.com/2018.3/Documentation/ScriptReference/LightmapParameters.html
この設定をスクリプトで実行するのはどうやるのかと調べていたのですが、どうもLightmapEditorSettingsにアクセサが存在せず（！）、海外ではリフレクションを介してm_LightmapParametersメンバ変数を直接読み書きしていました。マジかー（白目）。
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